往东莞火车站方向服务时间为6:30-23:05;往虎门火车站方向工作日服务时间为6:30-22:30，非工作日服务时间为6:30-23:00。非工作日为普通双休日及节假日（含放假调休），其余为工作日。
工作日：7：00-9：00，17：00-19：00为高峰时段，21：30-23：05为低峰时段，其他时段为平峰时段。
节假日（含放假调休）：10：00-20：00为高峰时段，其他时段为平峰时段。普通双休日：14：00-20：00为高峰时段，其他时段为平峰时段。
高峰时段行车间隔约6分钟，平峰时段行车间隔约8分钟，低峰时段行车间隔约9分钟。
1、工作日2号线各站首末班车时间
| 序号 | 方向 | 首班车 | 末班车 | ||
| 车站 | 往虎门火车站 | 往东莞火车站 | 往虎门火车站 | 往东莞火车站 | |
| 1 | 东莞火车站 | 06:30 | —— | 22:30 | —— |
| 2 | 茶山站 | 06:32 | 06:36 | 22:32 | 23:45 |
| 3 | 榴花公园站 | 06:35 | 06:49 | 22:35 | 23:41 |
| 4 | 下桥站 | 06:32 | 06:46 | 22:38 | 23:37 |
| 5 | 天宝站 | 06:35 | 06:43 | 22:41 | 23:35 |
| 6 | 东城站 | 06:30 | 06:40 | 22:43 | 23:32 |
| 7 | 旗峰公园站 | 06:32 | 06:38 | 22:46 | 23:29 |
| 8 | 鸿福路站 | 06:34 | 06:36 | 22:48 | 23:27 |
| 9 | 西平站 | 06:30 | 06:41 | 22:51 | 23:24 |
| 10 | 蛤地站 | 06:33 | 06:38 | 22:54 | 23:21 |
| 11 | 陈屋站 | 06:37 | 06:34 | 22:58 | 23:17 |
| 12 | 寮厦站 | 06:32 | 06:39 | 23:02 | 23:14 |
| 13 | 珊美站 | 06:34 | 06:37 | 23:04 | 23:12 |
| 14 | 展览中心站 | 06:38 | 06:34 | 23:08 | 23:09 |
| 15 | 虎门火车站 | —— | 06:30 | —— | 23:05 |
2、非工作日2号线各站首末班车时间
| 序号 | 方向 | 首班车 | 末班车 | ||
| 车站 | 往虎门火车站 | 往东莞火车站 | 往虎门火车站 | 往东莞火车站 | |
| 1 | 东莞火车站 | 06:30 | —— | 23:00 | —— |
| 2 | 茶山站 | 06:32 | 06:34 | 23:02 | 23:45 |
| 3 | 榴花公园站 | 06:35 | 06:46 | 23:05 | 23:41 |
| 4 | 下桥站 | 06:38 | 06:43 | 23:08 | 23:37 |
| 5 | 天宝站 | 06:41 | 06:40 | 23:11 | 23:35 |
| 6 | 东城站 | 06:34 | 06:37 | 23:13 | 23:32 |
| 7 | 旗峰公园站 | 06:36 | 06:35 | 23:16 | 23:29 |
| 8 | 鸿福路站 | 06:38 | 06:33 | 23:18 | 23:27 |
| 9 | 西平站 | 06:31 | 06:39 | 23:21 | 23:24 |
| 10 | 蛤地站 | 06:34 | 06:36 | 23:24 | 23:21 |
| 11 | 陈屋站 | 06:39 | 06:32 | 23:28 | 23:17 |
| 12 | 寮厦站 | 06:32 | 06:39 | 23:32 | 23:14 |
| 13 | 珊美站 | 06:34 | 06:37 | 23:34 | 23:12 |
| 14 | 展览中心站 | 06:38 | 06:34 | 23:38 | 23:09 |
| 15 | 虎门火车站 | —— | 06:30 | —— | 23:05 |
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